AFP是嚙齒類動物胚胎期和人胚胎期血清中的主要蛋白甲胎蛋白成分。人類胚胎在宮內發育的第六周左右用雙向擴散法即能測出AFP，到第13周左右可達到高峰，第16周后AFP的濃度迅速下降而白蛋白濃度上升。在人類胚胎中AFPzui高濃度可達3—4mg/ml，但新生兒期其血清濃度約為10－50ug/ml，出生后第1周末用雙向擴散法即不再能測出，然而用敏感的方法測定，證明AFP可持續存在于正常成人的血清中，用硫酸銨沉淀法RIA測獻血員11例，8例AFP在10ng/ml以下。用放射火箭自顯影測定學員206例的AFP，均在25ng/ml（4-25ng/ml），因此說明AFP的產生并無*的基因控制。
AFP的合成部位主要是在嚙齒動物及人類胚胎的肝臟，但也可在卵黃囊及胃腸道等。有人觀察到一個肝癌中，只有不到20%的肝細胞含有AFP，提示AFP的產生只是細胞群中的少數在活動。另一種解釋是所有細胞都制造AFP，但只有少數細胞可貯存AFP。AFP可出現于正常人，表示某些細胞可繼續合成AFP維持整個一生。
人類的AFP屬于α球蛋白，電泳運動在白蛋白與球蛋白之間，分子量約為64,000—72,000，沉淀系數為4.5。此蛋白約有18種氨基酸組成，碳水化合物約占4%。來源于胎兒的AFP呈*電泳運動，從腫瘤來者含有4種變異體或叫亞成分，其電泳運動有輕微差別，這種差別主要在碳水化合物的含量上而不在肽鏈的改變。
對于胎兒期AFP所起的作用仍不太清楚。從其濃度變化規律來看，AFP好像是成人血中白蛋白的相應物質，而白蛋白是AFP的替代物。白蛋白在控制新生兒溶血性黃疸中起重要作用，而AFP可能主要在于維持正常妊娠，并保持胚胎不受母體排斥，已知AFP能結合求偶素。

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